El Jardín Botánico ocupa una parte considerable de los terrenos del Colégio de São Bento, que había sido entregado a la Universidad de Coimbra, experimentando una importante renovación que data de la época de las reformas del Marqués de Pombal (1774).
En 1854, el ingeniero Pezerat presentó su proyecto para un invernadero (que aún existe), marcando un avance tecnológico en el uso de hierro y vidrio en la arquitectura, en Coimbra. Este edificio fue terminado en 1865. Las obras, realizadas entre 1944 y 1949, implicó la adición de una fuente en la plaza central, bancos de piedra, un invernadero frío y la renovación de las vías entre las diversas secciones del jardín y la zona de bosque.
La supervivencia de algunos de los edificios del antiguo Colegio Benedictino, como la antigua capilla en el bosque, dota al lugar con un aire histórico romántico. Además de diversas obras de la arquitectura y la escultura del Jardín Botánico, hay una herencia biológica extensa, con la participación de miles de especies de plantas antiguas.
El Jardín Botánico parece ser la isla perfecta en el centro de Coimbra, pero es su valor científico que lo hace único.
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