Der Botanische Garten nimmt einen beträchtlichen Teil der Fundamente des Kollegiums von São Bento ein, die der Universität von Coimbra übergeben worden waren und die in der Zeit der Pombalinischen Reformen (1774) einer umfassenden Renovierung unterzogen wurden.
1854 präsentierte der Ingenieur Pezerat sein Projekt für ein Gewächshaus (das noch immer existiert), das einen technologischen Fortschritt bei der Verwendung von Eisen und Glas in der Architektur in Coimbra markierte. Dieses Gebäude wurde 1865 fertiggestellt. Die zwischen 1944 und 1949 durchgeführten Arbeiten umfassten die Hinzufügung eines Brunnens auf dem Hauptplatz, Steinbänke, ein kühles Gewächshaus und die Renovierung der Wege zwischen den verschiedenen Abschnitten des Gartens und dem bewaldeten Gebiet.
Die Erhaltung einiger Gebäude des alten Benediktinerkollegs, etwa die alte Kapelle im Waldgebiet, verleiht dem Ort ein historisches und romantisches Flair. Neben verschiedenen architektonischen Werken und Skulpturen aus dem Botanischen Garten gibt es ein umfangreiches biologisches Erbe, das Tausende von Arten alter Pflanzen umfasst.
Der Botanische Garten scheint die perfekte Insel im Zentrum von Coimbra zu sein, aber es ist sein wissenschaftlicher Wert, der ihn einzigartig macht.
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